أولاً: المشروعات الاستثمارية التابعة للمعهد:
1- تطوير طرق الري والصرف وتغذية النباتات بالأراضي القديمة والجديدة.
2- تطوير استخدام الامونيا الغازية.
3- تطوير نظم المعلومات الزراعية باستخدام الأقمار الصناعية.
4- تطوير استخدام محسنات التربة.
ثانياً: المشروعات الممولة بمنح اجنبية:
1- إنتاج لقاح ثلاثي للعناصر الكبرى ( الازوت – الفوسفور – البوتاسيوم) حيوياً لتوفير بعض الأسمدة المعدنية من اجل التنمية والبيئة.
2- تطوير نباتات الشعير لتقاوم جهد الملوحة باستخدام بعض الكائنات الحية الدقيقة لتدعيم الإنتاج الزراعي بين مصر والصين.
3- استخدامات الأسمدة.
4- المسح الجغرافي والبيئي لتحديد العدوان على الأراضي الزراعية.
5- تحديد مجاميع ميكروبية لتعمل معاً كلقاحات أسمدة حيوية للمحاصيل النجيلية.
6- تطويع العلاقة بين النباتات والبكتريا بهدف زيادة تحمل البقوليات لنقص المياه فى الأراضي الجافة للبحر المتوسط ( اكواريز).
ثالثاً: المشروعات التابعة لمجلس البحوث الزراعية والتنمية:
1- الاستخدام الامثل لمياه الري والأسمدة العضوية بهدف إنتاج محصول الكانتالوب والبطيخ بالاراضى الرملية بمنطقة البستان.
2- إنشاء قاعدة بيانات وجمع المجموعات الميكروبية المثبتة للازوت الجوى.
3- تطوير لقاح الطحالب الخضراء المزرقة من الصورة السائلة إلى الصورة الصلبة على هيئة حبيبات تستخدم في تلقيح محاصيل الحبوب وبعض محاصيل الخضر.